12 мая 2004 Дума дала согласие на назначение Председателем Правительства М.Е.Фрадкова, кандидатура которого была внесена Президентом Путиным 7мая. В тот же день указом Президента М.Фрадков назначен Председателем Правительства РФ.
20 мая 2004 подписан указ о структуре федеральных органов исполнительной власти и назначены остальные 17 членов Правительства.
Правительство Фрадкова должно было сложить полномочия перед новым Президентом, вступающим в должность 7 мая 2008, но его отставка случилась раньше - в сентябре 2007.
Из 18 членов Правительства 17 (кроме Л.Реймана) входили в состав первого Правительства Фрадкова.
Изменения в составе Правительства
13 сентября 2004 создано Министерство регионального развития РФ. Министром регионального развития РФ назначен Владимир Анатольевич ЯКОВЛЕВ. В тот же день Д.Н.Козак освобожден от должности руководителя Аппарата Правительства - Министра РФ, на эту должность назначен Сергей Евгеньевич НАРЫШКИН.
14 ноября 2005 Первым заместителем Председателя Правительства назначен Дмитрий Анатольевич МЕДВЕДЕВ, заместителем Председателя Правительства - Министр обороны С.Б.Иванов. Одновременно издан указ, устанавливающий три вице-премьерских должности (вместо одной).
20 марта 2006 указом №231 "О Военно-промышленной комиссии при Правительстве
Российской Федерации" учреждена государственная должность: первый заместитель председателя Военно-промышленной комиссии при Правительстве Российской Федерации — Министр Российской Федерации. В тот же день указом №232 на эту должность назначен Владислав Николаевич ПУТИЛИН.
23 июня 2006 указом №645 Ю.Я.Чайка освобожден от должности в связи с переходом на другую работу (назначен Генеральным прокурором РФ), указом №646 Министром юстиции назначен Владимир Васильевич УСТИНОВ.
15 февраля 2007 С.Б.Иванов повышен до Первого заместителя председателя Правительства и освобожден от обязанностей Министра обороны (указ №175), Руководитель Аппарата Правительства С.Е.Нарышкин повышен в ранге с министра по вице-премьера (указ №176), Министром обороны РФ назначен Анатолий Эдуардович СЕРДЮКОВ (указ №177).
12 сентября 2007 Президент Путин подписал указ №1184, которым отправил Правительство в отставку, поручив М.М.Фрадкову исполнять обязанности премьера до сформирования нового Правительства РФ. Вскоре Президент внёс в Думу кандидатуру В.А.Зубкова в премьеры, 14 сентября получил согласие Думы и назначил его Председателем Правительства. Персональный состав Правительства Зубкова был сформирован 24 сентября 2007.
Второе Правительство Фрадкова на момент отставки насчитывало 22 человека. Из них в новое Правительство Зубкова вошли 18. Новыми лицами в Правительстве стали В.А.Зубков, Д.Н.Козак (сменил В.А.Яковлева), Э.С.Набиуллина (сменила Г.О.Грефа), Т.А.Голикова (сменила М.Ю.Зурабова). А.Л.Кудрин получил повышение до вице-премьера, сохранив за собой пост министра финансов.
После отставки М.Е.Фрадков получил должность директора Службы внешней разведки, М.Ю.Зурабов назначен советником Президента РФ, Г.О.Греф возглавил Сбербанк, В.А.Яковлев нового назначения не получил.