20 февраля 1997 Конституционный Суд удовлетворил заявление В.А.Туманова об отставке с поста Председателя КС и провел выборы нового председателя. Тремя судьями, получившими относительное большинство голосов в туре выдвижения, оказались М.В.Баглай (11), Т.Г.Морщакова (10) и О.С.Хохрякова (9); за ними шли В.Г.Стрекозов (8), В.Д.Зорькин и Б.С.Эбзеев (по 7). При голосовании по трем кандидатурам М.В.Баглай получил 12 из 19 голосов и был избран в первом туре (Морщакова и Хохрякова получили по 1 голосу, пятеро судей проголосовали против всех кандидатов).
В предшествующие избранию Баглая недели в прессе началась кампания по обличению судьи В.О.Лучина за написанную им брошюру "Указное право в России". Критики из числа юристов и журналистов, пишущих на юридические темы (Юрий Феофанов, Владимир Гулиев и др.), сочли недопустимым высказывание судьей вне заседания мнения по поводу актов, которые могут стать предметом рассмотрения в КС, а тем более - критику конституционным судьей Конституции. В связи с этим снова заговорили о повторной присяге для судей, избранных до принятия новой Конституции.
В интервью радиостанции "Эхо Москвы в день избрания Баглай высказался, в частности, против точки зрения о необходимости внесения поправок к Конституции, назвав действующую Конституцию "самодостаточной". В ответ на вопрос о повторной присяге судей, избранных до 1993 года изложил аргументы обеих сторон и сказал, что вопрос не решен. Выступил в защиту решения КС по "Чеченскому делу" и с критикой брошюры Лучина.
Избрав нового Председателя, КС приступил к рассмотрению одного из судьбоносных дел - о правомочности продления полномочий региональных законодательных собраний. Полномочный представитель Президента С.М.Шахрай нарисовал апокалиптическую картину последствий возможного признания такой практики неконституционной: становятся нелегитимными 42 региональных парламента, а также их председатели и членство последних в Совете Федерации; а затем - и все решения, принятые собраниями после истечения их полномочий и принятые Советом Федерации с участием "нелегитимных" сенаторов. КС подошел к оспариваемым указам и региональным акттам дифференцированно и принял решение, допускающее принципиальную возможность продления полномочий в переходный период в пределах предусмотренного законом о краевом (областном) Совете 5-летнего срока, но обставляющее эту возможность некоторыми правовыми условиями.
Кроме того, в КС снова поступил запрос, касающийся порядка формирования Совета Федерации: на этот раз - от Государственной Думы. Представителями Думы в данном деле назначены Е.Мизулина и О.Миронов. 10 апреля 1997 КС успешно избежал рассмотрения вопроса, вынеся Определение, в котором указано, что Дума вправе сама внести изменения в ею же принятый закон, а решение этого вопроса в КС было бы для нее отступлением от установленного способа изменения закона, предусматривающего участие в этом процессе Совета Федерации.
В июле закончено начавшееся годом раньше рассмотрение "тюменского" дела - о взаимоотношениях автономных округов с областью или краем, в который они входят. КС, вопреки надеждам некоторых общественных сил, не пошел по пути выявления приоритета одной нормы Конституции над другой и подтвердил двойственный статус автономного округа, который является самостоятельным субъектом Федерации и одновременно частью другого субъекта Федерации. КС разъяснил, что население округа должно быть ппредставлено в органах власти области и окружные власти не вправе препятствовать проведению выборов в органы власти области на своей территории.
КС снова и снова вынужден бороться с восстающим из гроба призраком института прописки. Сначала КС признал противоречащим Конституции введенный в Московской области налог за регистрацию граждан, т.к. такой налог не предусмотрен федеральным законодательством. Право граждан на получение заграничного паспорта признано не зависящим от места регистрации и от ее наличия.
На примере прописки хорошо видно, что отмена неконституционных актов регионального законодательства не распространяется на аналогичные акты других регионов и бороться приходится с каждым из неконституционных актов по отдельности. В ряде интервью судьи КС и депутаты Государственной Думы высказывались за такие изменения в законе о КС, которые позволяли бы распространять действие постановлений КС не только на оспоренные акты, но и на все акты, в которых повторяются нормы, признанные противоречащими Конституции. Пока такие поправки Думой не рассматривались. Вопросы конституционости регионального законодательства регулярно решаются в Верховном Суде. Особенно много судебных дел возникает в связи с избирательным законодательством и законодательством о местном самоуправлении.
23 декабря 1997 первая палата приняла постановление, заметно ухудшившее отношения КС с профсоюзами и Думой. Решался вопрос о конституционности статей Гражданского кодекса и закона "Об основах налоговой системы" об очередности списания денежных средств со счетов предприятий-должников: что раньше - налоги или зарплата. Из конкурирующих норм двух законов КС признал не соответствующей Конституции ту, что ставила обязательства по оплате труда прежде обязательств по уплате налогов. Правда, у гражданина осталась возможность "вернуться" в первую очередь: для этого он должен добиться судебного решения о выплате ему задолженности по зарплате
которые, т.к. требования, подкрепленные исполнительным листом из суда, так же как и требования налоговых органов, удовлетворяются в первоочередном порядке.
Ожидают рассмотрения несколько запросов важного политического значения. Дума просит установить, распространяется ли положение Конституции о недопустимости избрания Президента более чем на два срока, на лицо, избранное на первый срок до вступления Конституции в силу, т.е. вправе ли Б.Н.Ельцин баллотироваться еще на один срок. По запросам обеих палат КС должен разрешить спор о компетенции в связи с уклонением Президента от подписания закона о реституции культурных ценностей. Президента не подписал закон, основываясь на результатах подсчета депутатов Думы в зале "по головам" (не совпавших с результатами электронного голосования), и на своем отказе признавать законным механизм заочного голосования опросными листами в Совете Федерации.
20 марта 1998 на рассмотрение Государственной Думы был вынесен В.Г.Вишняковым (ЛДПР) проект постановления о нарушении Конституции Конституционным Судом. В проекте антиконституционным именовалось решение КС по очередности выплаты зарплат и налогов. По предложению А.И.Лукьянова (КПРФ) Дума не стала включать вопрос в повестку дня. За включение вопроса в повестку проголосовало 83 депутата (18,4%), против 5, воздержались 2.
2 июля 1998 по инициативе того же В.Г.Вишнякова в повестку Думы 273 голосами внесено еще одно подобное постановление - "О нарушении Конституционным Судом РФ Федерального конституционного закона "О Конституционом Суде РФ". В постановлении осуждалось устное заявление Баглая о праве Президента вносить изменения в налоговое законодательство своими указами, а также постановление N19-П от 16 июня 1998, отрицающее право судов общей юрисдикции выносить решения о неконституционности нормативных актов. В.Г.Вишняков доложил постановление, с ответной речью выступили судьи Т.Г.Морщакова и В.Г.Стрекозов. По предложению Е.Б.Мизулиной вопрос отложен до того момента, когда появится в печати постановление КС от 16 июня, с чем согласился В.Г.Вишняков. Позже постаноеление так и не было рассмотрено.