3 июня 1992, одновременно с созданием СБ и утверждением положения о нем, распоряжением Президента N266-рп утверждена структура Аппарата СБ, который в соответствии с Положением вошел в состав Администрации Президента. Временная штатная численность аппарата - 80 человек, в том числе до 20 военнослужащих.
В структуру аппарата вошли Секретарь СБ - руководитель аппарата СБ; секретариат и группа помощников и консультантов; первый заместитель секретаря СБ и курируемые им межведомственные комиссии; три заместителя секретаря СБ, каждый из которых был начальником одного из трех подразделений СБ: Управления стратегической безопасности, Управления планирования и координации, Информационно-аналитического центра.
Изменения в структуру аппарата СБ вносились указом N1148 от 27 июля 1993 "Вопросы аппарата Совета Безопасности Российской Федерации"; указом N1663 от 9 августа 1994 "Об аппарате Совета Безопасности Российской Федерации"; указом N600 от 19 июня 1995 "О ситуационном центре Совета Безопасности Российской Федерации".
25 июня 1996 указом N987 "Вопросы Аппарата Совета Безопасности Российской Федерации" Президент сократил штатную численность Аппарата СБ до 183 единиц. Установлено, что Секретарь СБ имеет четырех заместителей, в том числе одного первого, а также заведующего Секретариатом СБ. Утверждены лимиты на прикомандирование офицеров к аппарату СБ - 30 человек (ранее эти цифры устанавливались указами N948 от 16 мая 1994 и N1625 от 5 августа 1994).
Тогда же были произведены кадровые перемены. 25 июня 1996 уволены по сокращению штатов 2 заместителя секретаря СБ (Рубанов и Трошин) и назначены 2 других заместителя секретаря (Денисов и Харламов). Про третьего заместителя - В.Л.Манилова - Лебедь вначале сказал, что он остается, но 18 сентября и он был освобожден от должности и направлен в распоряжение министра обороны.
10 июля 1996 указом N 1024 "Вопросы Совета Безопасности Российской Федерации" Президент утвердил структуру аппарата СБ, в которую включены Секретарь СБ, его заместители, секретариат СБ и 4 управления: Управление оборонной безопасности; Управление общественной и федеральной безопасности; Управление экономической безопасности; Управление информационной безопасности и стратегического прогнозирования. В составе Секретариата и каждого управления создаются отделы. Заместителей секретаря СБ назначает Президент, а остальных сотрудников Аппарата - Секретарь СБ (до этого начальников управлений назначал Президент, а прочих сотрудников аппарата - руководитель Администрации Президента по представлению секретаря СБ).
В соответствии с Положением об Аппарате СБ, утвержденным указом Президента N 1128 от 1 августа 1996, Аппарат Совета Безопасности "является самостоятельным подразделением Администрации Президента Российской Федерации и имеет статус главного управления Президента Российской Федерации. Аппарат осуществляет организационно-техническое и информационно-аналитическое обеспечение деятельности СБ. Аппарат возглавляется Секретарем СБ. Заместители Секретаря СБ назначаются на должность Президентом РФ по представлению Секретаря СБ. Структуру и штатное расписание Аппарата утверждает Президент РФ по представлению Секретаря СБ. Секретарь СБ вправе вносить в штатное расписание отдельные изменения в пределах установленной штатной численности.
2 октября 1996 указом N1412 "Об утверждении Положения об Администрации Президента Российской Федерации" Президент снова передал функцию назначения работников аппарата СБ (кроме прикомандированных военнослужащих) от Секретаря СБ (т.е. А.И.Лебедя) руководителю Администрации Президента (т.е. А.Б.Чубайсу, с которым Лебедь находился в конфликте и которого именовал "национальным аллергеном").
Штатная численность аппарата СБ, по данным "Независимой газеты" за 10 и 21 января 1997, после сокращения на 20% достигла 207 человек включая обслуживающий персонал. В его составе стало 5 управлений: информационной безопасности и прогнозирования; оборонной безопасности; международной безопасности; экономической безопасности; общественной и федеральной безопасности.
Позже произошло несколько реорганизаций аппарата СБ, в частности - реорганизация, связанная со слияниеем Совета Безопасности и Совета обороны. Указом N442 от 26 февраля 2000 утверждена структура аппарата, включающая 7 управлений: государственной и общественной безопасности; международной безопасности; экономической и промышленной безопасности; военного строительства; военной инспекции; по проблемам безопасности в Северо-Кавказском регионе; информационной безопасности. Все управления, кроме Управления военной инспекции, включают в себя отделы.
Указом N2078 от 25 декабря 2000 утверждена новая структура аппарата, включающая секретариат и 8 управлений: проблем государственной и общественной безопасности; проблем безопасности в социально-экономической сфере; проблем оборонно-промышленной безопасности; проблем информационной безопасности; военной безопасности; проблем международной безопасности; проблем безопасности в Северо-Кавказском регионе; военной инспекции. Все управления, кроме Управления военной инспекции, включают в себя отделы. Таким образом, прежнее управление экономической и промышленной безопасности разделено на два, а большинство остальных переименованы с добавлением слова "проблем".
Указом 2105 от 28 декабря 2001 внесены изменения в Положение о Совете Безопасности и в Положение об аппарате Совета Безопасности.
30 апреля 2003 указом Президента N491 штатная численность заместителей Секретаря СБ увеличена с 7 до 8 человек.
ЗАМЕСТИТЕЛИ СЕКРЕТАРЯ СОВЕТА БЕЗОПАСНОСТИ
(в хронологическом порядке назначения)
заместитель Секретаря Совета безопасности - начальник Информационно-аналитического центра
НАСИНОВСКИЙ Владислав Евгеньевич (23 декабря 1992 - 30 августа 1993)
заместитель Секретаря Совета безопасности - начальник Управления стратегической безопасности
НАЗАРКИН Юрий Константинович (11 января 1993 - 30 августа 1993)
заместители Секретаря Совета безопасности
РУБАНОВ Владимир Арсентьевич (9 августа 1993 - 25 июня 1996)
ТРОШИН Александр Николаевич (26 октября 1993 - 25 июня 1996)
МАНИЛОВ Валерий Леонидович (27 октября 1993 - 18 сентября 1996)
заместители Секретаря Совета Безопасности
ХАРЛАМОВ Сергей Филиппович (25 июня 1996 - 29 октября 1996)
ДЕНИСОВ Владимир Юрьевич (25 июня 1996 - 29 октября 1996)
МИХАЙЛОВ Николай Васильевич (31 июля 1996 - 11 сентября 1997)
БЕРЕЗОВСКИЙ Борис Абрамович (29 октября 1996 - 4 ноября 1997)
МАЙОРОВ Леонид Сергеевич (29 октября 1996 - 30 мая 1998)
ДЕРЯБИН Юрий Степанович (5 декабря 1996 - 30 марта 1998)
первый заместитель Секретаря Совета Безопасности
МИТЮКОВ Михаил Алексеевич (7 декабря 1996 - 24 апреля 1998)
заместители Секретаря Совета Безопасности
АГАПОВ Борис Николаевич (9 июня 1997 - 8 июня 1998)
АГЕЕНКОВ Александр Владимирович (17 октября 1997 - 8 августа 1998)
РАПОТА Григорий Алексеевич (21 апреля 1998 - 1999)
ПОТАПОВ Владимир Яковлевич (21 апреля 1998 -, 31 мая 2000 - )
МОЛЯКОВ Алексей Алексеевич (30 мая 1998 - 1999)
первый заместитель Секретаря Совета Безопасности
МИХАЙЛОВ Вячеслав Александрович (8 июня 1998 - 25 мая 1999)
заместители Секретаря Совета Безопасности
МОСКОВСКИЙ Алексей Михайлович (8 июня 1998 -, 31 мая 2000 - )
МЕЛЬНИКОВ Виктор Николаевич (8 августа - 16 сентября 1998)
ОГАРЕВ Алексей Викторович (2 февраля 1999 - 1999)
СОБОЛЕВ Валентин Алексеевич (1999 -, 31 мая 2000 - )
ЧЕРНОВ Олег Дмитриевич (4 января 1999 -, 31 мая 2000 - )
первый заместитель Секретаря Совета Безопасности
ШЕРСТЮК Владислав Петрович (31 мая 1999 -, 31 мая 2000 - )
заместитель Секретаря Совета Безопасности
ВАСИЛЬЕВ Владимир Абдуалиевич (31 мая 1999 -, 31 мая 2000 - 28 марта 2001)
первый заместитель Секретаря Совета Безопасности
ФРАДКОВ Михаил Ефимович (31 мая 2000 - 28 марта 2001)
заместители Секретаря Совета Безопасности
СОЛТАГАНОВ Вячеслав Федорович (28 марта 2001 - )
СОЛОВЬЕВ Николай Георгиевич (19 мая 2001 - )
СТЕПАНКОВ Валентин Георгиевич (5 апреля 2003 - )
НАЗДРАТЕНКО Евгений Иванович (30 апреля 2003 - )
НАЧАЛЬНИКИ УПРАВЛЕНИЙ СОВЕТА БЕЗОПАСНОСТИ
До 1993 года начальниками управлений были по должности заместители секретаря СБ. 30 августа 1993 эти должности были разведены: два заместителя секретаря СБ были освобождены от должностей и назначены начальниками управлений: начальником управления информации и анализа - Владислав Евгеньевич НАСИНОВСКИЙ; начальником управления координации и взаимодействия - Юрий Константинович НАЗАРКИН.
12 октября 1995 распоряжениями Президента РФ начальником управления стратегических оценок и прогнозов был начначен Сослан Григорьевич ГУЧМАЗОВ; начальником управления обеспечения деятельности СБ - Владимир Петрович ЛЯЩЕНКО.
После реорганизации, связанной с назначением секретарем СБ А.И.Лебедя летом 1996 года, начальники Управлений СБ назначались решением секретаря СБ, а со 2 октября 1996 - решением руководителя Администрации Президента. В прессе активно упоминалось лишь назначение начальником Управления экономической безопасности лидера Демократической партии России Сергея Юрьевича ГЛАЗЬЕВА, случившееся 14 августа 1996. В тот же день был освобожден от должности и откомандирован в распоряжение министра обороны В.П.Лященко. В.Е.Насиновский и С.Г.Гучмазов остались на должностях в аппарате СБ. Вскоре после назначения секретарем СБ И.П.Рыбкина Глазьев подал в отставку и перешел на работу в аппарат Совета Федерации (хотя Рыбкин и предлагал ему остаться).
К середине 1997 года начальниками управлений СБ были Станислав Александрович МИХАЙЛОВ (Управление оборонной безопасности), Алексей Петрович ДЕНИСОВ (Управление информационной безопасности), Виктор Андреевич БОБРОВНИКОВ (Управление экономической безопасности), Владимир Михайлович СОЛОВЬЕВ (Управление международной безопасности), Лев Олегович ИВАНОВ (Управление общественной и федеральной безопасности). После раздела (по указу от 29 июля 1997) последнего из вышеназванных управлений Л.О.Иванов остался главой Управления федеральной конституционной безопасности, а начальником нового Управления по защите прав граждан и общественной безопасности стал его заместитель Анатолий Павлович КОРОТКОВ.
* * *
При Рыбкине в СБ появилась должность Руководителя Аппарата (ранее таковым считался секретарь СБ). Эту должность до весны 1997 занимал Андрей Иванович ВОЙКОВ, в бытность Рыбкина Председателем Государственной Думы (январь 1994 - январь 1996) работавший руководителем ее Аппарата, а затем - Вячеслав Никитович ПАХАРЕВ (в 1994 - декабре 1995 зав.секретариатом Председателя Государственной Думы, в декабре 1995 - начале 1997 начальник Организационного управления Думы). В марте 1998 В.Н.Пахарев последовал за И.П.Рыбкиным в Правительство.
К середине 1999 в должности Руководителя Аппарата СБ - ПАНКОВ Николай Александрович.